L’histoire de la communauté protestante de La Roche-sur-Yon est directement liée à l’histoire du nouveau chef-lieu implanté au cœur du département de la Vendée en 1804 par Napoléon, en remplacement de Fontenay- le-Comte, l’ancienne capitale du Bas-Poitou.
Dès 1835, une communauté protestante se retrouve pour des cultes dans des locaux mis à leur disposition par la municipalité de Bourbon-Vendée. Les pasteurs de Mouchamps et de Pouzauges desservent alternativement jusqu’en 1867, année de l’arrivée du premier pasteur Henri Meyer. Il faudra attendre 1869 pour qu’un bâtiment soit aménagé en temple rue Manufacturière à Napoléon-Vendée. C’est celui que nous connaissons aujourd’hui au 28 de la rue Chanzy. Henri Meyer, d’abord pasteur auxiliaire du Consistoire de Pouzauges, sera installé définitivement en 1873, année de la création par décret de la paroisse protestante de La Roche-sur-Yon
La construction puis le développement de la ville préfecture, d’administrations, d’établissements publics, d’entreprises avec l’arrivée du chemin de fer en 1866 favorisera l’installation de nouvelles familles protestantes. La communauté protestante s’accroît également sur les côtes vendéennes, notamment durant la période estivale. Si bien qu’en 1879, un temple est édifié cours Blossac aux Sables-d’Olonne, il est encore aujourd’hui rattaché à la paroisse protestante yonnaise.
En 151 ans, ce sont ainsi 16 pasteurs qui ont officié dans ces deux temples de l’Église protestante, dite Unie de la Vendée-Ouest.